Năm 1985, Trung tâm nghiên cứu Sinh thái học và Tài nguyên sinh vật trực thuộc Viện Khoa học Việt Nam được thành lập theo Quyết định 244/VKH-QĐ ngày 22 tháng 4 năm 1985 của GS.VS. Nguyễn Văn Hiệu, Viện trưởng Viện KHVN. Trung tâm có 01 phòng Quản lý tổng hợp và 07 phòng nghiên cứu, bao gồm: phòng Sinh thái và Bảo vệ môi trường, phòng Sinh thái thực vật, phòng Sinh thái động vật, phòng Thực vật học, phòng Động vật học, phòng Tài nguyên thực vật, Bảo tàng động vật.
Trên cơ sở Trung tâm nghiên cứu Sinh thái học và Tài nguyên sinh vật, Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật được thành lập vào ngày 05 tháng 03 năm 1990 theo Quyết định số 65-CT ngày 05/03/1990 của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng nay là Thủ tướng Chính phủ nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam. Từ đó đến nay, nhìn chung cơ cấu tổ chức, chức năng nhiệm vụ của Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật luôn được duy trì ổn định và phát triển qua các thời kỳ.
Các căn cứ pháp lý:
Danh sách các lãnh đạo qua các thời kỳ:
Nhiệm kỳ 7/1985-5/1990:
Giám đốc: GS.TSKH. Đặng Ngọc Thanh
Phó Giám đốc: PGS.TSKH. Đặng Huy Huỳnh
Nhiệm kỳ 6/1990-6/1995:
Viện trưởng: GS.TSKH. Đặng Huy Huỳnh
Phó Viện trưởng: PGS.TSKH. Trần Đình Lý; GS.TSKH. Cao Văn Sung
Nhiệm kỳ 7/1995-7/1998:
Viện trưởng: GS.TSKH. Cao Văn Sung
Phó Viện trưởng: PGS.TSKH. Trần Đình Lý; TS. Phạm Văn Lực (6/1995-6/1997); TS. Trần Minh Hợi (9/1997-7/1998); GS.TSKH. Vũ Quang Côn (9/1997-7/1998); TS. Lê Xuân Cảnh (9/1997-7/1998).
Nhiệm kỳ 8/1998-7/2004:
Viện trưởng: GS.TSKH. Vũ Quang Côn
Phó Viện trưởng: TS. Trần Minh Hợi; PGS. TS. Lê Xuân Cảnh; PGS.TS. Tạ Huy Thịnh (2004)
Nhiệm kỳ 8/2004-6/2014:
Viện trưởng: PGS.TS. Lê Xuân Cảnh
Phó Viện trưởng: PGS.TS. Trần Minh Hợi; PGS.TS. Tạ Huy Thịnh; PGS.TS. Trần Huy Thái; PGS.TS. Nguyễn Văn Sinh
Nhiệm kỳ 7/2014-7/2016:
Quyền Viện trưởng: PGS.TS. Trần Huy Thái
Phó Viện trưởng: PGS.TS. Nguyễn Văn Sinh; PGS.TS. Trương Xuân Lam
Nhiệm kỳ 8/2016-8/2023:
Viện trưởng: PGS.TS. Nguyễn Văn Sinh
Phó Viện trưởng: TS. Lê Hùng Anh; PGS.TS. Trương Xuân Lam; GS.TS. Nguyễn Quảng Trường;
Nhiệm kỳ 9/2023 đến nay:
Viện trưởng: TS. Lê Hùng Anh
Phó Viện trưởng: GS.TS. Trương Xuân Lam; GS.TS. Nguyễn Quảng Trường.